西暦2065年、マウスでの脳移植成功──
それはつまり、人間の脳が老いた身体を捨て、若い身体へ乗り換えられるという総百寿社会の到来を意味した。そんな世界の始まりを作った人物・寺山士門は記者からインタビューを受けたのち、幕末日本へタイムスリップすることになる。
知人も、地位も、戸籍さえもない世界に、ひとり取り残された士門だが、何としてでも現代へ戻るため、脳移植を用いて幕末の江戸を生き抜く決意をする。
そうして士門は、自らの脳を移植させるため、もっとも安全と思われる、自身のクローンを生み出す。
だが、士門は軽んじていた。そのクローンは、別の人格と魂を持つ、尊厳ある人間だったのだ──